作为仅有的可以通过投资移民方式获得公民身份的两个欧盟国家，塞浦路斯和马耳他的的护照移民项目具有广泛的相似性。许多潜在的投资者都在关心哪个国家的公民身份更好，要解决这个问题，可以从申请条件和项目优势两个方面进行比较。
一、申请条件比较
要获得塞浦路斯护照，申请人需要符合以下标准：
要获得马耳他护照，申请人需要满足这些条件：
1、申请人需年满18周岁，身体健康，无犯罪记录，购买过全球健康保险且通过了尽职检查。
2、向马耳他国家发展基金捐款65万欧元，这笔钱不会返还。
3、在马耳他境内购买并至少持有5年市值不低于35万欧元的居住用房产。或租赁一套年租金不低于1.6万欧元的不动产五年，期间不能转租。
4、经由马耳他身份局认证，购买且持有至少5年不低于15万欧元的马耳他股票或债券。5年后可赎回。
无论是塞浦路斯还是马耳他，两国都要求申请人购买当地房产。区别在于，在马耳他所购置的房产只需保留五年，之后就可以随意支配。而在塞浦路斯，经过3年的监管期后仍必须永久持有市值至少50万欧元的房产。总体费用上两国差异明显，马耳他护照项目所需65万欧元起底，远远低于塞浦路斯200万欧元的护照项目花费。
二、其他因素比较
1、两国护照“含金量”相当，在护照排行榜上可免签国家数量相差不大。不过马耳他多了一层申根公约国身份，因此能够更方便的在欧洲生活和工作
2、马耳他护照项目拒签率较塞浦路斯护照项目拒签率稍高。尽管两国的投资移民计划都得到了欧盟的批准，但是由于马耳他政府制定了较之塞浦路斯更为严格、彻底的审查程序，所以一般来说，塞浦路斯护照比马耳他护照更易获批。
3、由于塞浦路斯是全球最大的离岸金融中心，因此在税收政策上较之马耳他更有优势。不仅企业税是世界最低，而且个税免征标准高达19400欧元，没有增值税和遗产税，对于利息和股息亦不征税。
总的来说，马耳他护照项目费用较低，但是申请下来步骤略微繁琐；而塞浦路斯护照项目虽需要大量投资，但是税费优惠，步骤简单，而且审批更快。因此申请人还是依据经济实力和个人偏好选择适合自己的为好。